叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
医闾先生集序卷首医闾先生集卷一医闾先生集卷三医闾先生集卷四医闾先生集卷五医闾先生集卷六医闾先生集卷之 【 之：衍文】 七医闾先生集卷八医闾先生集卷九书医闾先生集后
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
内外伤寒辩惑论
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
前言说明一、新生儿疾病新生儿不乳新生儿大便不通新生儿小便不通胎毒新生儿丹毒（赤游丹）新生儿黄疸（胎黄）脐部疾患（脐湿、脐疮、脐血、脐肿、脐突）二、急性传染病（时行疾病）感冒麻疹风疹幼儿急疹水痘流行性腮
秘传刘伯温家藏接骨金疮禁方
提要看症口诀四季口诀大寒小寒七香跌打丸跌打总方回生丹跌打吊瘀煎水洗方
本草征要
子总论（第一）药性（第二）升药加减（第三）降药加减（第四）升药良方（第五）降药良方（第六）自拟表降备用方（第七）半表半降良方（第八）误降再表方（第九）后（第十）小便赤涩（十一）大便秘结（十二）泄泻（十