脉法行经三忌恶阻论胞漏并小产论诸痛论胎逆上逼胀满子悬论诸血症论子肿子气子满论子烦并五心烦热及烦躁口干论子淋论转胞淋闭论子嗽论喘急论泄泻论霍乱论中恶中暑中湿中风论子痫论（一名子冒）痢论疟论伤寒温热时疫论
舌鉴辨正
秘藏膏丹丸散方剂
养性延命录教诫篇第一食诫篇第二杂诫忌禳害祈善篇第三服气疗病篇第四导引按摩篇第五御女损益篇第六西山群仙会真记序识道识法识人识时识物养生养形养气养心养寿补内补气补精补益补损真水火真龙虎真丹药真铅汞真阴阳炼
自叙第一册·诸中门卒中暴厥中风中寒中暑中湿中气中食中恶五绝第一册·诸伤门伤暑伤湿伤燥伤饮食伤劳倦虚劳传尸劳第一册·寒热门发热潮热恶寒往来寒热外热内寒外寒内热上热下寒上寒下热疟厥第二册·诸气门诸气郁痞水
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
断死证秘诀秘受不治法受伤治法通用方秘传方附录验方四则
余无言医案及医话
自序原病篇卷一·上焦篇风温、温热、温疫、温毒、冬温暑温伏暑湿温、寒湿温疟秋燥补秋燥胜气论卷二·中焦篇风温、温热、温疫、温毒、冬温暑温、伏暑寒湿湿温秋燥卷三·下焦篇风温、温热、温疫、温毒、冬温暑温、伏暑
简介序卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九跋